Για την αξιολόγηση του Δ.Π.Μ.Σ. προβλέπεται η αξιολόγηση των διδασκόντων, αλλά και του Προγράμματος Σπουδών υποχρεωτικά, από όλους τους φοιτητές στο τέλος κάθε εξαμήνου. Τα αποτελέσματα της αξιολόγησης λαμβάνονται σοβαρά υπόψη στη συνέχιση της λειτουργίας του Δ.Π.Μ.Σ., διατηρώντας και ενισχύοντας τα θετικά σημεία, ενώ τα αρνητικά λαμβάνονται πολύ σοβαρά υπόψη για τον περαιτέρω σχεδιασμό της διδασκαλίας.
Βασικά κριτήρια αξιολόγησης για την επίτευξη των στόχων του Δ.Π.Μ.Σ. είναι: